Depuis la nuit des temps, les templiers cachent et protègent le Saint-Graal, cette coupe mystérieuse qui aurait le pouvoir de réaliser tous les vœux possibles et imaginables. Mais il y a bien longtemps malheureusement, cet objet a été dérobé. Par qui, par quoi, personne ne le sait. Pour le retrouver, les templiers se sont tournés vers l'alchimie et la magie noire. Ils ont ainsi transmis leur savoir-faire aux générations futures, qui prendraient la relève dans cette quête.
Mais depuis, cette quête du Graal est devenue une Guerre du Graal. L'objet est tombé entre de mauvaises mains, et il faut user de la force pour l'obtenir. Ainsi, les familles descendant des templiers furent pour la plupart formées à se battre dans le but de récupérer cet coupe mirobolante, convoitée de tous.
Certains ignorent tout de cette guerre et se retrouvent du jour au lendemain à devoir se battre pour leur vœux, et pour leur vie. Ces combattants, au nombre de sept à chaque confrontation, sont appelés des Masters. Les Masters, en grande partie des magiciens, sont les stratèges de cette guerre, ce sont eux qui mèneront la danse jusqu'à à son dénouement.
Cependant, un problème est survenu durant l'une des guerres car le Graal a été corrompu et il est devenu instable. Ainsi lors de la guerre de 2004, le nombre de participant est allé au-delà des sept et en 2007, la guerre à quitté Fuyuki où elle avait toujours eu lieu, pour se dérouler à Misaki...
Nous sommes le 05 Avril 2010. De nombreuses personnes voient apparaître sur leur peau les trois marques des élus, les Command Spells, faisant d'eux des Masters. Ils vont devoir s'affronter dans une nouvelle guerre sanglante afin d'obtenir le Graal. Dans leurs combats, ils ne seront pas seuls, ils feront équipe avec des Servants, qui les protégeront et combattront avec eux. Les Servants sont des esprits du passé, des âmes héroïques, qui ont été matérialisés par la manifestation du pouvoir d'un Master. Lorsqu'un Master déclenche son pouvoir, qu'il le fasse exprès par le biais d'une invocation ou que cela soit accidentel, cela signifie qu'il a été choisi pour la guerre, et ainsi son Servant apparaît. Le Servant est au service de son Master, et dispose de pouvoirs dépassant l'entendement. Ils sont divisés en sept classes: Saber, Archer, Lancer, Caster, Assassin, Berserker et Rider, chacun ayant ses capacités propres et un domaine de prédilection.
Les couples ainsi formés s'affrontent dans une lutte sauvage, avec tous un seul et même objectif : mettre la main sur le Saint Graal et réaliser leur vœu le plus cher. Cette fois encore, la Guerre du Graal se tiendra sur les terres de la ville de Misaki. Toutes les conditions semblent réunies pour que la guerre se déroule au mieux, car à l'issue de la guerre de 2007, le Graal a été purifié et stabilisé. Cependant, les choses pourraient êtres compliquées car l'Alliance, ce groupe désirant mettre fin à cette guerre que l'on croyait dissout fait son retour et un étrange groupe voulant révéler au monde la magie a fait son apparition. Ce n'est pas le contexte de la ville qui va faciliter les choses, celle-ci étant en effervescence à cause des élections municipales.
Participez à une lutte épique entre Masters, Servants et civils, pour la survie et pour le Graal !